La Conferencia de las Partes (COP) es el órgano rector del Convenio de Minamata sobre el Mercurio, establecido de conformidad con su Artículo 23. A través de las decisiones tomadas en sus reuniones, la COP promueve la implementación del Convenio, que se mantendrá bajo continua revisión y evaluación.
Desde la entrada en vigor del Convenio de Minamata en agosto de 2017, la COP celebró su primera reunión en septiembre de 2017 y su segunda reunión en noviembre de 2018. La COP se reunirá nuevamente del 25 al 29 de noviembre de 2019 en Ginebra para su tercera reunión. Las reuniones posteriores de la COP serán llevadas a cabo cada dos años.
En su primera reunión, la COP adoptó, entre otros, el Reglamento bajo el cual operaría. También adoptó el Reglamento Financiero para sí misma y para cualquiera de sus órganos subsidiarios, así como las disposiciones financieras que rigen el funcionamiento de la secretaría de la Convención. Tanto el Reglamento como el Reglamento Financiero incluyen un texto que será considerado por la COP en su tercera reunión.
La COP cuenta con el apoyo en su trabajo por la Mesa, compuesto por un Presidente y nueve Vicepresidentes, uno de los cuales actúa como rapporteur. Desde la COP2, los miembros de la Mesa comienzan su mandato al cierre de la reunión en la que son elegidos hasta el cierre de la siguiente reunión de la COP. Cada uno de los cinco grupos regionales de la ONU está representado por dos miembros de la Mesa, elegidos entre los representantes de las Partes presentes en la reunión.
El Convenio de Minamata también establece como órgano subsidiario de la COP un Comité de Aplicación y Cumplimiento, que, según el artículo 15, tiene como objetivo promover la aplicación y examinar el cumplimiento de todas las disposiciones del Convenio. El presidente del Comité es un miembro de oficio de la Mesa de la COP.