La Conférence des Parties (COP) est l'organe directeur de la Convention de Minamata sur le mercure, établie en vertu de son article 23. Conformément aux décisions prises lors de ses réunions, la COP fait progresser la mise en œuvre de la Convention, qu'elle doit suivre et évaluer en continuation.
Suite à l'entrée en vigueur de la Convention de Minamata en août 2017, la COP a tenu sa première réunion en septembre 2017 et sa deuxième réunion en novembre 2018. La COP se réunira à nouveau du 25 au 29 novembre 2019 à Genève pour sa troisième réunion. Les réunions ordinaires ultérieures de la COP auront lieu tous les deux ans.
Lors de sa première réunion, la COP a adopté, entre autres, le règlement intérieur régissant son fonctionnement. Elle a également adopté des règles de gestion financière pour elle-même et ses organes subsidiaires, ainsi que des dispositions financières régissant le fonctionnement du Secrétariat de la Convention. Le règlement intérieur et les règles financières comprennent tous deux du texte qui doit être examiné plus avant par la COP lors de sa troisième réunion.
La COP est assistée dans ses travaux par un Bureau composé d'un Président et de neuf Vice-présidents, dont l'un agit en qualité de rapporteur. Depuis la COP2, le mandat des membres du Bureau court de la clôture de la réunion au cours de laquelle ils sont élus jusqu'à la clôture de la réunion ordinaire suivante de la COP. Chacun des cinq groupes régionaux des Nations Unies est représenté par deux membres du Bureau, élus parmi les représentants des Parties présentes à la réunion.
La Convention de Minamata établit également, comme organe subsidiaire de la COP, le Comité de mise en œuvre et du respect des obligations, qui, conformément à l'article 15, vise à promouvoir la mise en œuvre de la Convention et à examiner le respect de toutes ses dispositions. Le président du Comité est membre d'office du bureau de la COP.