Le Fonds d'affectation spéciale du Fonds pour l'Environnement Mondial (FEM) est l'un des mécanismes financiers de la Convention de Minamata sur le mercure, avec le Programme International Spécifique. Il a été créé en vertu de l'article 13 de la Convention. En 2017 la première Conférence des Parties (COP1) a défini ses orientations sur les stratégies, les politiques et l'éligibilité à l'accès à ses ressources (décision MC-1/5). La relation entre le FEM et la COP est définie par un mémorandum d'accord.
Le financement du FEM pour le mercure a été fourni aux pays en développement et aux pays à économie en transition pour préparer les évaluations initiales de Minamata (MIA) et les plans d'action nationaux (NAP) pour l'extraction artisanale et à petite échelle de l'or (AGSM), et pour entreprendre des projets destinés à soutenir application d’articles particuliers de la Convention. Certains projets du FEM sont menés dans le cadre d'approches programmatiques plus larges, comme le programme PlanetGOLD pour soutenir la transition vers l'abandon de l'utilisation du mercure dans l'exploitation minière artisanale et à petite échelle de l'or. PlanetGOLD a des projets dans huit pays et un puissant composant de gestion des connaissances pour favoriser la durabilité et la mise à l'application à grande échelle des résultats des projets. Un autre exemple est le programme GEF ISLANDS (Mise en œuvre d'un développement durable, faible et non chimique dans les PEID) qui travaillera dans 30 petits États insulaires en développement pour gérer les impacts croissants des produits chimiques et des déchets sur leur environnement, y compris la gestion d'au moins 38 tonnes métriques de le mercure provenant des produits, des soins de santé et d'autres secteurs d'utilisation.
À chaque COP, le FEM rend compte de ses activités de soutien aux Parties et de la manière dont il a répondu aux orientations fournies par la COP: Rapport du FEM à la COP1 (UNEP/MC/COP.1/INF/3), COP2 (UNEP/MC/COP.2/INF/3) et COP3 (UNEP/MC/COP.3/INF/2). Le Secrétariat fournit également un rapport sur le mécanisme de financement à chaque COP: mise à jour sur les questions liées au Fonds pour l'environnement mondial à COP1 (UNEP/MC/COP.1/8), COP2 (UNEP/MC/COP.2/8) et COP3 (UNEP/MC/COP.3/9).